Distinguez absence médicale, maintien employeur et indemnisation sociale pour établir une paie maladie traçable selon le régime et la convention.
Trois questions différentes
Le certificat médical justifie une absence ; il ne détermine pas à lui seul qui paie et combien. Il faut distinguer les droits liés au contrat ou à la convention, l’indemnisation par le régime social compétent et les formalités nécessaires pour ouvrir ces droits.
N’utilisez pas un taux d’indemnité ou un délai de carence universel : les règles dépendent du régime, des conditions d’affiliation et des circonstances. Un accident du travail ne se traite pas comme une maladie ordinaire.
Le dossier à vérifier
Limitez l’accès aux justificatifs médicaux aux personnes qui en ont besoin. Le gestionnaire de paie a besoin des dates et du traitement autorisé, pas d’une diffusion du diagnostic à toute l’équipe.
- Dates de début, fin et éventuelle prolongation de l’arrêt.
- Certificat et preuve de réception dans les délais applicables.
- Convention collective, ancienneté et conditions de maintien de salaire.
- Démarches auprès de l’organisme compétent et justificatif d’indemnisation.
- Qualification distincte d’un accident professionnel, si nécessaire.
Exemple de rapprochement
Pour un arrêt de cinq jours, commencez par identifier les jours normalement travaillés compris dans l’arrêt. Calculez ensuite la rémunération de la période selon la règle de maintien applicable. N’enregistrez pas cinq jours non payés par défaut si la convention prévoit un maintien.
Si une indemnité est versée directement au salarié par l’organisme social, documentez-la sans la payer une seconde fois comme salaire employeur. Si une régularisation est nécessaire, rattachez-la à la période et à sa justification.
Reprise et contrôle final
Vérifiez que les prolongations n’ont pas créé de chevauchement avec des congés annuels. Rapprochez les absences enregistrées, le brut et les éventuelles indemnités. Les effets sur les droits à congé doivent suivre les règles applicables, pas un automatisme choisi pour simplifier la paie.
Sources et vérification
Sources documentaires consultées pour l’édition du 2026-10-20. Les limites de vérification sont précisées ci-dessous.
- Ministère des Affaires sociales — législationsRetrouver le Code du travail, les conventions collectives, les décrets salariaux et leurs avenants applicables au secteur.
- CNSS — espace employeursChoisir le secteur et le régime avant de consulter affiliation, immatriculation, déclaration et cotisations.